ביצוע התוכנית מחייב טיפול במספר רב של מישורים ובכללם הנדסיים, משפטיים, אקולוגיים, הומניטריים (ראה "מרקם חיים") וכו'.

• היבטים משפטיים
• היבטים הנדסיים
• הסדרי מקרקעין

העקרון המנחה הוא להגיע בכל הסוגיות להבנות ולהמנע ככל שניתן מהתנגדויות שיביאו למחלוקות שיחייבו התערבות משפטית.
תכנון התוואי מתבסס על העקרונות שקבע בג"ץ בפסיקתו מיום 30/6/04 ובוחן את האיזון הנכון בין שיקולי הביטחון לשיקולים ההומניטריים.

תהליך תפיסת המקרקעין מתבצע אף הוא תוך התחשבות מכסימאלית באוכלוסיה הפלסטינית. צו תפיסת המקרקעין מפורסם בפומבי במקומות נגישים, ובכלל זה בשטח האמור להיתפס ומועבר גם לידיעת הנציגים הפלסטיניים במנגנון התיאום והקישור בן הצדדים. נציגי ישראל אף מקיימים סיור משותף בשטח האמור להיתפס עם בעלי הקרקעות ועם נציגים רשמיים של הכפרים הנפגעים מהקמת הגדר. בפועל, השתתפו עד כה בסיורים אלו מאות בעלי קרקעות.
לבעלי הקרקע ניתן פרק זמן של 7 ימים ממועד הסיור להגשת התנגדות נגד תפיסת המקרקעין. במקרים בהם מתבקשת ארכה לצורך הגשת התנגדות, מאושרות בקשות הארכה, כעניין שבשגרה. כל ההשגות המוגשות ע"י התושבים הפלסטיניים נבחנות לגופן, ובמידת הצורך מתקיימות פגישות בין נציגי ישראל לבעלי הקרקעות ונציגיהם, במטרה למצוא פתרונות שימזערו את הפגיעה בתושבים.
כתוצאה מההשגות ומתהליך ההדברות שהתקיים בעקבותיהן אכן חלו שינויים מקומיים רבים בתוואי המכשול. אדם אשר התנגדותו לתפיסת המקרקעין נדחיית, רשאי לעתור ל- ביהמ"ש הגבוה לצדק בתוך 7 ימים ממועד קבלת הודעת הדחייה. בכל מקרה, פלסטיני שאדמתו נתפסה זכאי לדמי שימוש ולפיצויים. בג"צ דן עד כה בעשרות עתירות שהוגשו ומערכת הביטחון פעלה על פי הפסיקות.

תהליך תפיסת הקרקעות לצורך הקמת גדר הביטחון לווה מראשיתו על ידי ערכאות משפטיות כאשר לפלסטינים נתנה זכות עמידה בבית המשפט. נכון ל- 9 באוגוסט 2005 הוגשו למעלה מ-80 עתירות לבית המשפט העליון. 38 מהן נסגרו, בין אם בפסיקת בית המשפט ובין אם בהסכמה שהושגה בין הצדדים, 35 עתירות בנוגע לתוואי הגדר ממתינות לפסיקת בג"צ, ובנוסף 8 עתירות שתלויות ועומדות ועניינן, הקמת מרכיבים נלווים לגדר הביטחון- (נקודת בקורת) ול"מרקם חיים".

בית המשפט העליון בהרכב מורחב של תשעה שופטים פסק ב-15 בספטמבר 2005 בעתירה העוסקת בחוקיותה של גדר הביטחון ("גדר ההפרדה" בלשון פסק דין) באזור אלפי מנשה, יישוב ישראלי בשומרון, דרומית מזרחית לקלקיליה, הנמצא כ-4 ק"מ מה"קו הירוק". בית המשפט העליון פסק פה אחד כי מותר לבנות את הגדר גם מעבר ל"קו הירוק" לשם שמירה על ביטחון הישובים הנמצאים שם.
פסק הדין התייחס הן למימד העקרוני של העתירה, שנסמכה חוות הדעת המייעצת של בית הדין הבינלאומי בהאג מיולי 2004, והן למימד הפרטני של בעיית חמישה כפרים פלסטינים באזור אלפי מנשה שמצאו עצמם במעין "מובלעת" שכללה אותם בצד ה"ישראלי" של הגדר.
במימד העקרוני נקבע, בניגוד לחוות דעתו של בית הדין בהאג, כי לצה"ל יש סמכות להקים את גדר הביטחון בשטחי הגדה על מנת להגן על חייהם ובטחונם של המתיישבים הישראלים באזור, קרי- הגדר יכולה להגן גם על ההתיישבות בגדה ולא רק על שטחה הריבוני של ישראל. פסק הדין קבע גם כי יש לבחון בנפרד כל קטע של הגדר, על פי מבחן המידתיות, קרי- האיזון בין צרכי הביטחון של ישראל לפגיעה בזכויות האדם של הפלסטינים.

במימד העקרוני נבחנה גם "מידת השפעתה של חוות הדעת המייעצת של בית הדין הבינלאומי בהאג על המשך גישתו של בית המשפט העליון לשאלת חוקיות הגדר לפי המשפט הבינלאומי. נאמר בו, בין השאר, כי בית הדין בהאג ביסס את פסק דינו לפי תשתית עובדתית כאשר לפגיעה בזכויות של התושבים הפלסטינים מבלי שנזקק לתשתית עובדתית באשר לצורך הביטחוני- צבאי של ישראל בהקמת הגדר. פסק הדין קובע כי בשל המידע שהוצג בפני בית המשפט העליון בהאג, שכלל אי דיוקים, הוטל מלוא המשקל על כף הפגיעה בזכויות התושבים. אולם לא ניתן ע"י בית המשפט בהאג כל משקל לצרכים הביטחוניים-צבאיים של ישראל וממילא לא נדונה שאלת המידתיות - האיזון שבין הפגיעה בזכויות התושבים הפלסטינים לבין השיקול הביטחוני-צבאי.

באשר למימד הפרטני של בעיית חמשת הכפרים ב"מובלעת" אלפי מנשה קיבל בית המשפט העליון את העתירה וקבע כי על המדינה לשקול, בתוך זמן סביר את החלופות השונות של גדר הביטחון באלפי מנשה, תוך שעליה לבחון חלופות ביטחוניות הפוגעות פחות בחיי התושבים של כפרי ה"מובלעת".

תקציר פסק הדין בעניין הגדר סביב אלפי מנשה נמצא באתר האינטרנט של
בית המשפט העליון

נכון ל-1 בינואר 2006 תמונת המצ"ב המשפטית הנה כדלקמן:
כ-26 ק"מ נמצאים עדין בבג"צ.
כ-76 ק"מ בהשגות משפטיות של בעלי הקרקע או בעלי עניין (בתום שלב משפטי זה יכולים אותם גורמים להגיש בג"צ).
כ- 7 ק"מ באזור ירושלים נדונים בוועדת ערר הסמוכה לבית המשפט המחוזי בת"א.
כ-124 ק"מ נמצאים בתהליך אישור על ידי משרד המשפטים. רק לאחר מכן ניתן להוציא צווי תפיסה.

פרוייקט "מרחב התפר" הינו פרוייקט התשתיות הגדול ביותר במדינת ישראל, המתבצע בלוח הזמנים הקצר ביותר ומעסיק משאבים רבים ומשמעותיים ממשק התשתיות במדינת ישראל.