כבר בראשית הפרויקט, אחד מהעקרונות המרכזיים שהנחו את מתכנני תוואי הגדר היה ההתחשבות במרקם החיים של אוכלוסיית קו התפר ובזיקות הקיימות בין האוכלוסייה הפלסטינית לאוכלוסיה הישראלית. לפיכך, הקמת הגדר נעשתה מתוך התחשבות מירבית באוכלוסייה הפלסטינית במגבלות צרכי הביטחון.
מתוך מודעות לכך שהאוכלוסייה הפלסטינית אשר תימצא מצידה המערבי של הגדר תופרד, ולו באופן חלקי, מעורפה הכלכלי-חברתי שביתר ערי וכפרי הגדה, נעשה מאמץ לצמצם עד למינימום ההכרחי את היקף האוכלוסייה והישובים הפלסטיניים הנמצאים ממערב ל"גדר הביטחון" . לאחר השלמת שלבים א' וב' של הפרויקט רק כ- 4,000 פלסטינים מתגוררים בשטח שממערב לגדר.
ברוח זו הנחתה ממשלת ישראל את הדרגים המקצועיים בהחלטותיה ביחס לתוכנית "מרחב התפר". כבר בתוכנית הראשונית שגובשה ביולי 2001 במועצה לביטחון לאומי לטיפול ב"מרחב התפר" ואושרה ע"י הקבינט הודגש הצורך להבטיח את "שמירת אורח החיים התקין של התושבים המקומיים, ככל הניתן". בהחלטת הממשלה מ- 1 באוקטובר 2003 הנחתה הממשלה מפורשות, כי "במהלך התכנון המפורט ייעשה כל מאמץ לצמצם, ככל הניתן, הפרעות העלולות להיגרם לאורחות החיים של הפלסטינים בעקבות הקמת המכשול".
כנגזרת מכך, המטרה שהוגדרה לגורמים המקצועיים במשרד מתאם פעולות הממשלה בשטחים, האמון על הקשר והסיוע האזרחי לאוכלוסיה הפלסטינית, הייתה: "לאפשר לאוכלוסיה הפלסטינית ב"מרחב התפר" לקיים מרקם חיים, תוך שמירה על ביטחון תושבי מדינת ישראל".
בעבודת המטה לקביעת תוואי "גדר הביטחון" משולבים גורמי תיאום וקישור אלה, כך שמלבד השיקולים הביטחוניים נלקח בחשבון בעת הקמת המכשול גם "מרקם החיים" הפלסטיני. הבחינה של שיקולים אלה בוצעה באופן פרטני לכל מקטע במכשול בהתבסס גם על חוות דעת של יועצים משפטיים.
"מרקם החיים" אמור לאפשר לתושבי "מרחב התפר" לשמר את זיקתם בהיבטי תעסוקה, חקלאות, מסחר, חינוך, בריאות וקשרי משפחה למרחב יהודה ושומרון מחד גיסא, ולאפשר לרשות הפלסטינית ולתושבי יהודה ושומרון לספק שירותים ולעמוד בקשר עם תושבי "מרחב התפר" מאידך גיסא.

לאורך הגדר הוקמו מעברים רבים לשימוש הפלסטינים. במסגרת זו הוקמו עשרות שערים למעבר חקלאים תושבי כפרי הסביבה, 34 נקודות ביקורת ו- 5 טרמינלים למעבר סחורות. זאת, במטרה לאפשר עיבוד חקלאי, לשמר את רצף התנועה בין הכפרים והערים ולהבטיח את הגישה לשירותים עירוניים, תברואתיים וחברתיים בין הכפרים לבין עיר המחוז. תוכנית המעברים שגובשה בתום תהליך עבודת מטה לו היו שותפים גופים רבים ובכללם המועצה לביטחון לאומי, הביאה להקמתה של מנהלת מעברים במשרד הביטחון. בבסיס התוכנית עקרונות של כבוד האדם, רמת שירות גבוהה בד בבד עם רמת בידוק גבוהה, אמינה ויעילה. הרציונל הבסיסי הוא לסייע לכלכלת הרשות הפלסטינית ולייצב אותה. הטרמינלים שנבנו במעבר גלבוע ושער אפריים והמעבר שנמצא בשלבי בנייה מתקדמים בארז, דומים בחזותם לטרמינלים המקובלים בעולם.

בינואר 2006 התבצע אזרוח של שני מעברים: מעבר הולכי הרגל בשער אפריים אוזרח ב- 16 בינואר. מעבר הולכי הרגל במעבר ארז הישן אוזרח ב- 19 בינואר. מעבר הסחורות בשער אפריים, אוזרח ב- 6 בפברואר.
החברות הפרטיות שמפעילות את המעברים בעקבות זכייה במכרז שפרסם משרד הביטחון "שלג לבן" בארז ו"מיקוד" בשער אפריים בצעו הכשרות והדרכות לעובדים. ההכשרות כללו גם קורס בערבית, הדרכה טכנולוגית במערכות אבל גם הכשרות מנטליות כדי ליצור תובנה לשירות הנדרש.
מתוך הבנה לחשיבות הנושא ותרומתו לייצוב הכלכלה הפלסטינית גם ברמת הפרט, חתמה ארה"ב על הסכם בהיקף 50 מליון דולר המסדיר העברת ציוד בידוק למעברים. ההסכם שנחתם ב-8 בדצמבר 2005 מגדיר את התנאים בהם יסופקו המשקפים ואת המחוייביות ההדדיות של ישראל וארה"ב, כאשר מבחינת ישראל מדובר במהלך חשוב לסגירת פערים טכנולוגיים בקו התפר. בשלב הראשון יגיעו ארצה ארבעה משקפים ניידים בתנאי ליסינג לשנה ובהמשך, תקבע כמות המשקפים הנוספים. המשקפים הניידים ימוקמו בנקודות ביקורת מרכזיות דוגמת קרני, כרם שלום ושער אפריים דרכן מועברות סחורות ובכלל זה תוצרת חקלאית שמימד זמן הבדיקה לגביהן הינו קריטי, והם ינויידו לנקודות ביקורת נוספות לפי הצורך.

גורמי המנהל האזרחי ביצעו עבודת מטה נרחבת למיפוי האוכלוסייה הפלסטינית המתגוררת ב"מרחב התפר". לתושבים אלו ניתן אישור המעיד על כך שהם אכן מתגוררים במרחב ואשר נועד לאפשר להם חופש תנועה. במסגרת עבודת מטה זו מופו תושבי יהודה ושומרון להם קיים צורך קבוע/תכוף להגיע ל"מרחב התפר". לכלל תושבים אלו ניתנו היתרי כניסה ל"מרחב התפר" ושהייה בו. גם לעובדים של ארגוני סיוע בינ"ל, לאנשי סגל דיפלומטי ולאנשי דת, ניתן אישור לנוע באופן חופשי ב"מרחב התפר". בסה"כ נופקו כ- 10,000 אישורים לפלסטינים להיכנס ולשהות למטרות עבודה ב"מרחב התפר". במקרים המועטים בהם נשללת בקשה לאישור כזה, עקב מידע מודיעיני שאינו מאפשר הענקת האישור, מועברת למבקשים הודעה מנומקת בכתב עליה הם יכולים לערער בפני מערכת המשפט הישראלית.

• הוסר המחסום הצבאי ממזרח לעיר קלקיליה. הסרת המחסום מאפשרת לתושבי קלקיליה גישה חופשית ליתר אזורי הגדה המערבית ללא בידוק ביטחוני (למעט במקרים מיוחדים של התרעה מודיעינית קונקרטית). פעולה זו התאפשרה בשל הקמת הגדר המונעת את יציאת המחבלים מהעיר לשטח ישראל.
• נפרצו שני צירי תנועה נוספים לשימוש תושבים פלסטיניים באזור טול כרם (ציר המחבר בין א-ראס לבין כביש מס' 57, הוא כביש טול-כרם - שכם), ובאזור קלקיליה (ציר המחבר בין ראס א-טירה לבין כביש מס' 55, הוא כביש קלקיליה-שכם).
• סלילת כביש מאזור בקה א-שרקיה לכיוון קלקיליה ("ציר הכפרים") במטרה לאפשר תנועה חופשית ללא מגבלות לאורך הגדר (דוגמא לכך שהגדר מאפשרת להקל על תנועת האוכלוסיה הפלסטינית ב"שטחים").
• הקמת מעבר תת קרקעי בין חבלה לעיר קלקיליה שהושלמה בסוף יולי 2004 ומאפשרת הגעת תושבי הכפרים לעיר לקבלת שירותים מוניציפאליים.
• הקמת מעבר תת-קרקעי בצומת שופה (דרומית לטול כרם) במטרה לאפשר מעבר נוח בין טול כרם לכפרים שבמדרומה ולמרחב קלקיליה.
• כבישת דרכים חקלאיות חדשות שיאפשרו לחקלאים נגישות טובה יותר אל שדותיהם.

כל גורמי הרפואה הפלסטינים זכאים לקבל היתרי מעבר ושהיה ב"מרחב התפר". גם במקרים בהם נסגרים באופן זמני חלק מהמעברים ב"גדר הביטחון" בשל התרעה ממוקדת על כוונות פיגוע, מאפשרים גורמי התיאום והקישור, ככלל, מעבר של חולים הנזקקים לטיפול. בוצעה השקעה בתשתיות בריאות מקומיות על מנת שיוכלו לתת מענה בריאותי בסיסי. במקביל מתבצעת פעילות להקמת תשתיות בריאות רחבות יותר, בין היתר בבית החולים במזרח ירושלים.

נעשה מאמץ לאפשר לכלל התושבים הפלסטיניים, הן ממערב ל"גדר הביטחון" והן ממזרח לה, לשמור על מקומות פרנסתם, בדגש על תחום החקלאות. במסגרת זו: על-מנת שלא לפגוע בגידולים חקלאיים שגדלו בתוואי המיועד למכשול במשך שנים ארוכות, הועתקו ע"י ישראל ממקומם למעלה מ- 90,000 עצי זית וניטעו במקומות חדשים. בחלק לא קטן מהמקומות בוצעה העתקת העצים בהסכמת בעליהם הפלסטיניים ובתיאום עימם. במקומות בהם לא אותרו בעלי העצים, ניטעו העצים שהועתקו סמוך לתוואי הגדר ובוצעה השקיה רציפה לאורך זמן על מנת לוודא קליטתם.

תשתיות מים, חשמל ותקשורת שחצו את תוואי הגדר במקרים בהם משיקולים ביטחוניים לא הייתה כל ברירה אחרת, הועתקו ממקומן. במקרים בהם הדבר לא התאפשר, נבנו תשתיות חלופיות במקומן.

שיקולים של איכות הסביבה מהווים מרכיב במערך השיקולים התכנוניים ובהתאם, אדריכלי נוף וקציני מטה לאיכות הסביבה משלובים בתכנון. כל קטע של הגדר נבחן בהיבט זה ובמסגרת זו נלקחים בחשבון זרימת המים בנחלים באזור, שמירת האיזון הטבעי באוכלוסיית בעלי החיים משני צידי הגדר, והקמת תשתיות לשפכים וביוב. דגש ניתן גם לשימור אתרים ארכיאולוגיים. כך, במהלך העבודה על התוואי התגלו למעלה מ- 15 אתרי עתיקות בהם בוצעו חפירות הצלה בתיאום רשות העתיקות.

בוצעו הקלות שמטרתן לאפשר לתלמידים הפלסטיניים שהגדר מפרידה בינם לבין בית ספרם, להמשיך ולקיים את שגרת לימודיהם. במסגרת זו ניתנו אישורי מעבר מיוחדים לתלמידים פלסטיניים, שהמכשול הפריד אותם מבתי הספר בהם הם לומדים, לעבור את הגדר לצורך לימודים כך לדוגמא, ניתנו אישורים לתלמידות תושבות הכפר יעבד (מערבית לג'נין) לעבור לבית ספר בח'רבת אום ריחן המצויה ממערב למכשול. כמו כן, נפתחו שני מעברים לשימוש תלמידים פלסטיניים המתגוררים במרחב אלפי מנשה ולומדים בכפר חבלה, דרומית לקלקיליה. ובהמשך, יושמה תוכנית להסעת תלמידים פלסטיניים, שבית הספר שלהם ומקום מגוריהם ממוקמים משני צידי הגדר מביתם אל בתי הספר בהם הם לומדים. ההסעות מתבצעות במימון מלא של ישראל.

נוסף לגופים המטפלים בנושא זה בשיגרה, ומתוך הבנה כי מורכבותו של הפרוייקט מחייבת התייחסות מיוחדת, החליט שר הביטחון ב- 27 בינואר 2004 על הקמת גוף ייעודי במשרד הביטחון שיהיה אחראי על ריכוז המענה לכלל הצרכים האזרחיים וההומניטריים של האוכלוסייה הפלסטינית שנוצרו בעקבות הקמת "גדר הביטחון" הקיימת ושעלולים להיווצר ע"י הגדר העתידית, שטרם נבנתה. מדובר על צוות בין משרדי בראשות תא"ל (מיל.) ברוך שפיגל (לשעבר סגן מתפ"ש), שכולל נציגים של משרד הביטחון, צה"ל, מתפ"ש, משה"ח וגופים נוספים, כולל משפטנים. כמו כן הוחלט על הקמת מוקד טלפוני שיאויש ע"י דוברי ערבית שיוכלו לסייע בפיתרון בעיות נקודתיות המתעוררות בשטח.
פסיקת בג"ץ מ- 30 ביוני 2004 חדדה את הצורך במתן משקל רב יותר לסוגיות ההומניטריות ובהתאם התבצעה בחינה של תוואי הגדר בהתבסס על הקריטריונים שקבע בג"ץ.
התוואי שגובש ואושר ע"י הממשלה בישיבתה מיום 20 בפברואר 2005, שעבר שינויים מינוריים ב-30 באפריל 2006, משקף איזון ראוי בין שיקולים ביטחוניים להומניטריים והוא עמד מאז לא אחת במבחן בג"ץ.